Publications
2024
-
Image‐based multiplex immune profiling of cancer tissues: translational implications. A report of the International Immuno‐oncology Biomarker Working Group on Breast CancerThe Journal of PathologyC. A. Jahangir, D. B. Page, G. Broeckx, C. A. Gonzalez, C. Burke, C. Murphy, J. S. Reis‐Filho, A. Ly, P. W. Harms, R. R. Gupta, M. Vieth, A. I. Hida, M. Kahila, Z. Kos, P. J. Van Diest, S. Verbandt, J. Thagaard, R. Khiroya, K. Abduljabbar, G. Acosta Haab, B. Acs, S. Adams, J. S. Almeida, I. Alvarado‐Cabrero, F. Azmoudeh‐Ardalan, S. Badve, N. B. Baharun, E. R. Bellolio, V. Bheemaraju, K. R. Blenman, L. Botinelly Mendonça Fujimoto, O. Burgues, A. Chardas, M. C. U. Cheang, F. Ciompi, L. A. Cooper, A. Coosemans, G. Corredor, F. L. Dantas Portela, F. Deman, S. Demaria, S. N. Dudgeon, M. Elghazawy, C. Fernandez‐Martín, S. Fineberg, S. B. Fox, J. M. Giltnane, S. Gnjatic, P. I. Gonzalez‐Ericsson, A. Grigoriadis, N. Halama, M. G. Hanna, A. Harbhajanka, S. N. Hart, J. Hartman, S. Hewitt, H. M. Horlings, Z. Husain, S. Irshad, E. A. Janssen, T. R. Kataoka, K. Kawaguchi, A. I. Khramtsov, U. Kiraz, P. Kirtani, L. L. Kodach, K. Korski, G. Akturk, E. Scott, A. Kovács, A. Lænkholm, C. Lang‐Schwarz, D. Larsimont, J. K. Lennerz, M. Lerousseau, X. Li, A. Madabhushi, S. K. Maley, V. Manur Narasimhamurthy, D. K. Marks, E. S. Mcdonald, R. Mehrotra, S. Michiels, D. Kharidehal, F. U. A. A. Minhas, S. Mittal, D. A. Moore, S. Mushtaq, H. Nighat, T. Papathomas, F. Penault‐Llorca, R. D. Perera, C. J. Pinard, J. C. Pinto‐Cardenas, G. Pruneri, L. Pusztai, N. M. Rajpoot, B. L. Rapoport, T. T. Rau, J. M. Ribeiro, D. Rimm, A. Vincent‐Salomon, J. Saltz, S. Sayed, E. Hytopoulos, S. Mahon, K. P. Siziopikou, C. Sotiriou, A. Stenzinger, M. A. Sughayer, D. Sur, F. Symmans, S. Tanaka, T. Taxter, S. Tejpar, J. Teuwen, E. A. Thompson, T. Tramm, W. T. Tran, J. Van Der Laak, G. E. Verghese, G. Viale, N. Wahab, T. Walter, Y. Waumans, H. Y. Wen, W. Yang, Y. Yuan, J. Bartlett, S. Loibl, C. Denkert, P. Savas, S. Loi, E. Specht Stovgaard, R. Salgado, W. M. Gallagher, A. Rahman, 2024
-
Equivariant Multiscale Learned Invertible Reconstruction for Cone Beam CTN. Moriakov, J. Sonke, J. Teuwen, 2024
-
Deep Cardiac MRI Reconstruction with ADMMStatistical Atlases and Computational Models of the Heart. Regular and CMRxRecon Challenge PapersG. Yiasemis, N. Moriakov, J. Sonke, J. Teuwen, 2024
-
Does “One Size Fits All”? Rethinking FIGO Depth of Invasion Measurements in Vulvar CancerInternational Journal of Gynecological PathologyM. C. Bleeker, T. Bosse, K. K. Van De Vijver, J. Bart, H. Horlings, T. G. Jonges, N. C. Visser, L. F. Kooreman, J. Bulten, P. C. Ewing-Graham, 2024
-
IMPORTANT-Net: Integrated MRI multi-parametric increment fusion generator with attention network for synthesizing absent dataInformation FusionT. Zhang, T. Tan, L. Han, X. Wang, Y. Gao, J. Van Dijk, A. Portaluri, A. Gonzalez-Huete, A. D’Angelo, C. Lu, J. Teuwen, R. Beets-Tan, Y. Sun, R. Mann, 2024, 108
-
An interpretable machine learning system for colorectal cancer diagnosis from pathology slidesnpj Precision OncologyP. C. Neto, D. Montezuma, S. P. Oliveira, D. Oliveira, J. Fraga, A. Monteiro, J. Monteiro, L. Ribeiro, S. Gonçalves, S. Reinhard, I. Zlobec, I. M. Pinto, J. S. Cardoso, 2024, 8;(1)
-
Nodule detection and generation on chest X-rays: NODE21 ChallengeIEEE Transactions on Medical ImagingE. Sogancioglu, B. Van Ginneken, F. Behrendt, M. Bengs, A. Schlaefer, M. Radu, D. Xu, K. Sheng, F. Scalzo, E. Marcus, S. Papa, J. Teuwen, E. T. Scholten, S. Schalekamp, N. Hendrix, C. Jacobs, W. Hendrix, C. I. Sánchez, K. Murphy, 2024
-
METhodological RadiomICs Score (METRICS): a quality scoring tool for radiomics research endorsed by EuSoMIIInsights into ImagingB. Kocak, T. Akinci D’Antonoli, N. Mercaldo, A. Alberich-Bayarri, B. Baessler, I. Ambrosini, A. E. Andreychenko, S. Bakas, R. G. H. Beets-Tan, K. Bressem, I. Buvat, R. Cannella, L. A. Cappellini, A. U. Cavallo, L. L. Chepelev, L. C. H. Chu, A. Demircioglu, N. M. Desouza, M. Dietzel, S. C. Fanni, A. Fedorov, L. S. Fournier, V. Giannini, R. Girometti, K. B. W. Groot Lipman, G. Kalarakis, B. S. Kelly, M. E. Klontzas, D. Koh, E. Kotter, H. Y. Lee, M. Maas, L. Marti-Bonmati, H. Müller, N. Obuchowski, F. Orlhac, N. Papanikolaou, E. Petrash, E. Pfaehler, D. Pinto Dos Santos, A. Ponsiglione, S. Sabater, F. Sardanelli, P. Seeböck, N. M. Sijtsema, A. Stanzione, A. Traverso, L. Ugga, M. Vallières, L. V. Van Dijk, J. J. M. Van Griethuysen, R. W. Van Hamersvelt, P. Van Ooijen, F. Vernuccio, A. Wang, S. Williams, J. Witowski, Z. Zhang, A. Zwanenburg, R. Cuocolo, 2024, 15;(1)
-
Overcoming data scarcity in radiomics/radiogenomics using synthetic radiomic featuresComputers in Biology and MedicineM. Ahmadian, Z. Bodalal, H. J. Van Der Hulst, C. Vens, L. Karssemakers, N. Bogveradze, F. Castagnoli, F. Landolfi, E. K. Hong, N. Gennaro, A. D. Pizzi, R. G. Beets-Tan, M. W. Van Den Brekel, J. A. Castelijns, 2024
-
An automated deep learning pipeline for EMVI classification and response prediction of rectal cancer using baseline MRI: a multi-centre studynpj Precision OncologyL. Cai, D. M. J. Lambregts, G. L. Beets, M. Mass, E. H. P. Pooch, C. Guérendel, R. G. H. Beets-Tan, S. Benson, 2024, 8;(1)
-
Optimizing CycleGAN design for CBCT-to-CT translation: insights into 2D vs 3D modeling, patch size, and the need for tailored evaluation metricsMedical Imaging 2024: Image ProcessingI. Hadzic, S. Pai, V. Trier Taasti, D. Bontempi, I. Zhovannik, R. Canters, J. J. Sonke, A. Dekker, J. Teuwen, A. Traverso, 2024
-
The state-of-the-art in Cardiac MRI Reconstruction: Results of the CMRxRecon Challenge in MICCAI 2023J. Lyu, C. Qin, S. Wang, F. Wang, Y. Li, Z. Wang, K. Guo, C. Ouyang, M. Tänzer, M. Liu, L. Sun, M. Sun, Q. Li, Z. Shi, S. Hua, H. Li, Z. Chen, Z. Zhang, B. Xin, D. N. Metaxas, G. Yiasemis, J. Teuwen, L. Zhang, W. Chen, Y. Pang, X. Liu, A. Razumov, D. V. Dylov, Q. Dou, K. Yan, Y. Xue, Y. Du, J. Dietlmeier, C. Garcia-Cabrera, Z. A. Hemidi, N. Vogt, Z. Xu, Y. Zhang, Y. Chu, W. Chen, W. Bai, X. Zhuang, J. Qin, L. Wu, G. Yang, X. Qu, H. Wang, C. Wang, 2024
-
Application of deep learning on mammographies to discriminate between low and high-risk DCIS for patient participation in active surveillance trials.Cancer imaging: the official publication of the International Cancer Imaging SocietyS. Alaeikhanehshir, M. M. Voets, F. H. van Duijnhoven, E. H. Lips, E. J. Groen, M. C. J. van Oirsouw, S. E. Hwang, J. Y. Lo, J. Wesseling, R. M. Mann, J. Teuwen, 2024, 24;(1):48
-
Large retrorectal spindle cell sarcoma: A case report and brief review of the literatureRadiology Case ReportsC. L. Petersen, M. R. Byriel, J. Shkurti, S. R. Rafaelsen, 2024, 19;(7):2684-2688
-
Reproducing RECIST lesion selection via machine learning: Insights into intra and inter-radiologist variationEuropean Journal of Radiology OpenT. M. Tareco Bucho, L. Petrychenko, M. A. Abdelatty, N. Bogveradze, Z. Bodalal, R. G. Beets-Tan, S. Trebeschi, 2024, 12
-
AI Applications to Breast MRI: Today and Tomorrow.Journal of magnetic resonance imaging: JMRIR. Lo Gullo, J. Brunekreef, E. Marcus, L. K. Han, S. Eskreis-Winkler, S. B. Thakur, R. Mann, K. Groot Lipman, J. Teuwen, K. Pinker, 2024
-
Abstract 4951: Integrative multi-omic machine learning model predicts neoadjuvant immunotherapy response using molecular data and deep learning-derived features from digital pathologyCancer ResearchL. V. Leek, V. Botha, V. A. Baxi, J. Teuwen, H. M. Horlings, S. D. Chasalow, J. V. D. Haar, L. F. Wessels, A. Debroy, E. E. Voest, 2024, 84;(6_Supplement):4951-4951
-
End-to-end Adaptive Dynamic Subsampling and Reconstruction for Cardiac MRIG. Yiasemis, J. Sonke, J. Teuwen, 2024
2023
-
STAPLER: Efficient learning of TCR-peptide specificity prediction from full-length TCR-peptide dataB. P. Y. Kwee, M. Messemaker, E. Marcus, G. Oliveira, W. Scheper, C. J. Wu, J. Teuwen, T. N. Schumacher, 2023
-
Nature of spatial universes in 3D Lorentzian quantum gravityPhysical Review DJ. Brunekreef, R. Loll, 2023, 107;(2)
-
RadioLOGIC, a healthcare model for processing electronic health records and decision-making in breast diseaseCell Reports MedicineT. Zhang, T. Tan, X. Wang, Y. Gao, L. Han, L. Balkenende, A. D’Angelo, L. Bao, H. M. Horlings, J. Teuwen, R. G. Beets-Tan, R. M. Mann, 2023
-
Spatial analyses of immune cell infiltration in cancer: current methods and future directions. A report of the International Immuno‐Oncology Biomarker Working Group on Breast CancerThe Journal of PathologyD. B. Page, G. Broeckx, C. A. Jahangir, S. Verbandt, R. R. Gupta, J. Thagaard, R. Khiroya, Z. Kos, K. Abduljabbar, G. Acosta Haab, B. Acs, J. S. Almeida, I. Alvarado‐Cabrero, F. Azmoudeh‐Ardalan, S. Badve, N. B. Baharun, E. R. Bellolio, V. Bheemaraju, K. R. Blenman, L. Botinelly Mendonça Fujimoto, O. Burgues, M. C. U. Cheang, F. Ciompi, L. A. Cooper, A. Coosemans, G. Corredor, F. L. Dantas Portela, F. Deman, S. Demaria, S. N. Dudgeon, M. Elghazawy, S. Ely, C. Fernandez‐Martín, S. Fineberg, S. B. Fox, W. M. Gallagher, J. M. Giltnane, S. Gnjatic, P. I. Gonzalez‐Ericsson, A. Grigoriadis, N. Halama, M. G. Hanna, A. Harbhajanka, A. Hardas, S. N. Hart, J. Hartman, S. Hewitt, A. I. Hida, H. M. Horlings, Z. Husain, E. Hytopoulos, S. Irshad, E. A. Janssen, M. Kahila, T. R. Kataoka, K. Kawaguchi, D. Kharidehal, A. I. Khramtsov, U. Kiraz, P. Kirtani, L. L. Kodach, K. Korski, A. Kovács, A. Laenkholm, C. Lang‐Schwarz, D. Larsimont, J. K. Lennerz, M. Lerousseau, X. Li, A. Ly, A. Madabhushi, S. K. Maley, V. Manur Narasimhamurthy, D. K. Marks, E. S. Mcdonald, R. Mehrotra, S. Michiels, F. U. A. A. Minhas, S. Mittal, D. A. Moore, S. Mushtaq, H. Nighat, T. Papathomas, F. Penault‐Llorca, R. D. Perera, C. J. Pinard, J. C. Pinto‐Cardenas, G. Pruneri, L. Pusztai, A. Rahman, N. M. Rajpoot, B. L. Rapoport, T. T. Rau, J. S. Reis‐Filho, J. M. Ribeiro, D. Rimm, A. Salomon, M. Salto‐Tellez, J. Saltz, S. Sayed, K. P. Siziopikou, C. Sotiriou, A. Stenzinger, M. A. Sughayer, D. Sur, F. Symmans, S. Tanaka, T. Taxter, S. Tejpar, J. Teuwen, E. A. Thompson, T. Tramm, W. T. Tran, J. Van Der Laak, P. J. Van Diest, G. E. Verghese, G. Viale, M. Vieth, N. Wahab, T. Walter, Y. Waumans, H. Y. Wen, W. Yang, Y. Yuan, S. Adams, J. M. S. Bartlett, S. Loibl, C. Denkert, P. Savas, S. Loi, R. Salgado, E. Specht Stovgaard, G. Akturk, N. Bouchmaa, 2023
-
Improving Lesion Volume Measurements on Digital MammogramsN. Moriakov, J. Peters, R. Mann, N. Karssemeijer, J. V. Dijck, M. Broeders, J. Teuwen, 2023
-
Pitfalls in machine learning‐based assessment of tumor‐infiltrating lymphocytes in breast cancer: A report of the International Immuno‐Oncology Biomarker Working Group on Breast CancerThe Journal of PathologyJ. Thagaard, G. Broeckx, D. B. Page, C. A. Jahangir, S. Verbandt, Z. Kos, R. Gupta, R. Khiroya, K. Abduljabbar, G. Acosta Haab, B. Acs, G. Akturk, J. S. Almeida, I. Alvarado‐Cabrero, M. Amgad, F. Azmoudeh‐Ardalan, S. Badve, N. B. Baharun, E. Balslev, E. R. Bellolio, V. Bheemaraju, K. R. Blenman, L. Botinelly Mendonça Fujimoto, N. Bouchmaa, O. Burgues, A. Chardas, M. Chon U Cheang, F. Ciompi, L. A. Cooper, A. Coosemans, G. Corredor, A. B. Dahl, F. L. Dantas Portela, F. Deman, S. Demaria, J. Doré Hansen, S. N. Dudgeon, T. Ebstrup, M. Elghazawy, C. Fernandez‐Martín, S. B. Fox, W. M. Gallagher, J. M. Giltnane, S. Gnjatic, P. I. Gonzalez‐Ericsson, A. Grigoriadis, N. Halama, M. G. Hanna, A. Harbhajanka, S. N. Hart, J. Hartman, S. Hauberg, S. Hewitt, A. I. Hida, H. M. Horlings, Z. Husain, E. Hytopoulos, S. Irshad, E. A. Janssen, M. Kahila, T. R. Kataoka, K. Kawaguchi, D. Kharidehal, A. I. Khramtsov, U. Kiraz, P. Kirtani, L. L. Kodach, K. Korski, A. Kovács, A. Laenkholm, C. Lang‐Schwarz, D. Larsimont, J. K. Lennerz, M. Lerousseau, X. Li, A. Ly, A. Madabhushi, S. K. Maley, V. Manur Narasimhamurthy, D. K. Marks, E. S. Mcdonald, R. Mehrotra, S. Michiels, F. U. A. A. Minhas, S. Mittal, D. A. Moore, S. Mushtaq, H. Nighat, T. Papathomas, F. Penault‐Llorca, R. D. Perera, C. J. Pinard, J. C. Pinto‐Cardenas, G. Pruneri, L. Pusztai, A. Rahman, N. M. Rajpoot, B. L. Rapoport, T. T. Rau, J. S. Reis‐Filho, J. M. Ribeiro, D. Rimm, A. Roslind, A. Vincent‐Salomon, M. Salto‐Tellez, J. Saltz, S. Sayed, E. Scott, K. P. Siziopikou, C. Sotiriou, A. Stenzinger, M. A. Sughayer, D. Sur, S. Fineberg, F. Symmans, S. Tanaka, T. Taxter, S. Tejpar, J. Teuwen, E. A. Thompson, T. Tramm, W. T. Tran, J. Van Der Laak, P. J. Van Diest, G. E. Verghese, G. Viale, M. Vieth, N. Wahab, T. Walter, Y. Waumans, H. Y. Wen, W. Yang, Y. Yuan, R. M. Zin, S. Adams, J. Bartlett, S. Loibl, C. Denkert, P. Savas, S. Loi, R. Salgado, E. Specht Stovgaard, 2023, 260;(5):498-513
-
Development, validation, and simplification of a scanner‐specific CT simulatorMedical PhysicsS. A. M. Tunissen, L. J. Oostveen, N. Moriakov, J. Teuwen, K. Michielsen, E. J. Smit, I. Sechopoulos, 2023
-
Joint machine learning and analytic track reconstruction for X-ray polarimetry with gas pixel detectorsAstronomy & AstrophysicsN. Cibrario, M. Negro, N. Moriakov, R. Bonino, L. Baldini, N. Di Lalla, L. Latronico, S. Maldera, A. Manfreda, N. Omodei, C. Sgró, S. Tugliani, 2023, 674
-
Reconstruction of the Corticospinal Tract in Patients with Motor-Eloquent High-Grade Gliomas Using Multilevel Fiber Tractography Combined with Functional Motor Cortex MappingAmerican Journal of NeuroradiologyA. Zhylka, N. Sollmann, F. Kofler, A. Radwan, A. De Luca, J. Gempt, B. Wiestler, B. Menze, A. Schroeder, C. Zimmer, J. Kirschke, S. Sunaert, A. Leemans, S. Krieg, J. Pluim, 2023, 44;(3):283-290
-
vSHARP: variable Splitting Half-quadratic ADMM algorithm for Reconstruction of inverse-ProblemsG. Yiasemis, N. Moriakov, J. Sonke, J. Teuwen, 2023
-
IL-5-producing CD4+ T cells and eosinophils cooperate to enhance response to immune checkpoint blockade in breast cancerCancer CellO. S. Blomberg, L. Spagnuolo, H. Garner, L. Voorwerk, O. I. Isaeva, E. Van Dyk, N. Bakker, M. Chalabi, C. Klaver, M. Duijst, K. Kersten, M. Brüggemann, D. Pastoors, C. Hau, K. Vrijland, E. A. Raeven, D. Kaldenbach, K. Kos, I. S. Afonina, P. Kaptein, L. Hoes, W. S. Theelen, P. Baas, E. E. Voest, R. Beyaert, D. S. Thommen, L. F. Wessels, K. E. De Visser, M. Kok, 2023, 41;(1):106-123.e10
-
Beyond the AJR: A Breakthrough in the Use of Artificial Intelligence for Mammography in Screening for Breast CancerAmerican Journal of RoentgenologyR. M. Mann, J. Teuwen, 2023
-
Kandinsky Conformal Prediction: Efficient Calibration of Image Segmentation AlgorithmsJ. Brunekreef, E. Marcus, R. Sheombarsing, J. Sonke, J. Teuwen, 2023
-
JSSL: Joint Supervised and Self-supervised Learning for MRI ReconstructionG. Yiasemis, N. Moriakov, C. I. Sánchez, J. Sonke, J. Teuwen, 2023
-
Clinicopathological and prognostic value of calcification morphology descriptors in ductal carcinoma in situ of the breast: a systematic review and meta-analysisInsights into ImagingM. M. Van Leeuwen, S. Doyle, A. W. Van Den Belt–Dusebout, S. Van Der Mierden, C. E. Loo, R. M. Mann, J. Teuwen, J. Wesseling, 2023, 14;(1)
-
Modeling Barrett’s Esophagus Progression Using Geometric Variational AutoencodersCancer Prevention Through Early DetectionV. Van Veldhuizen, S. Vadgama, O. De Boer, S. Meijer, E. J. Bekkers, 2023
-
1240P Multi-centric validation of an AI-based sTIL% scoring model for breast cancer H&E whole-slide imagesAnnals of OncologyY. Schirris, R. Voorthuis, M. Opdam, E. Gavves, R. De Menezes, S. Linn, H. Horlings, 2023, 34
-
Generalizable biomarker prediction from cancer pathology slides with self-supervised deep learning: A retrospective multi-centric studyCell Reports MedicineJ. M. Niehues, P. Quirke, N. P. West, H. I. Grabsch, M. Van Treeck, Y. Schirris, G. P. Veldhuizen, G. G. Hutchins, S. D. Richman, S. Foersch, T. J. Brinker, J. Fukuoka, A. Bychkov, W. Uegami, D. Truhn, H. Brenner, A. Brobeil, M. Hoffmeister, J. N. Kather, 2023, 4;(4):100980
-
163MO Single-cell T cell dynamics induced by neoadjuvant nivolumab +/- ipilimumab in early triple negative breast cancer with tumor-infiltrating lymphocytes (BELLINI trial)Immuno-Oncology and TechnologyO. Isaeva, I. Nederlof, M. De Graaf, B. Boeckx, J. Traets, I. Mandjes, K. Van De Vijver, M. Chelushkin, C. Drukker, M. Dongen, G. Sonke, S. Linn, C. Blank, K. De Visser, R. Salgado, L. Wessels, T. Schumacher, H. Horlings, D. Lambrechts, M. Kok, 2023, 20
-
BluePrint molecular subtypes predict response to neoadjuvant pertuzumab in HER2-positive breast cancerBreast Cancer ResearchM. C. Liefaard, A. Van Der Voort, M. S. Van Ramshorst, J. Sanders, S. Vonk, H. M. Horlings, S. Siesling, L. De Munck, A. E. Van Leeuwen, M. Kleijn, L. Mittempergher, M. M. Kuilman, A. M. Glas, J. Wesseling, E. H. Lips, G. S. Sonke, 2023, 25;(1)
-
The prognostic value of tumor-stroma ratio and a newly developed computer-aided quantitative analysis of routine H&E slides in high-grade serous ovarian cancerL. V. Wagensveld, C. Walker, K. Hahn, J. Sanders, R. Kruitwagen, M. V. D. Aa, G. Sonke, S. Rottenberg, K. V. De Vijver, A. Janowczyk, H. Horlings, 2023